Основні зусилля спецпідрозділу спрямовуються на протидію корупції в органах влади і місцевого самоврядування, правоохоронних, контролюючих установах, військових формуваннях, на перекриття контрабандних каналів постачання в Україну товарів, наркотиків, психотропних засобів, зброї, радіоактивних і отруйних речовин, виявлення організованих злочинних угруповань, причетних до нелегальної міграції, торгівлі людьми, протиправних операцій в економіці, вчинення інших тяжких злочинів.
У 1998 році спільно з ФСБ РФ проведено оперативну комбінацію для припинення каналу контрабанди в Україну героїну. Затримано двох наркокур’єрів, які перевозили 500 г героїну, вартість якого за ринковими цінами становила до 100 тисяч доларів США. За порушеними кримінальними справами заарештовано чотири особи.
У 1999 році під час спільної операції спецпідрозділів УСБУ в Миколаївській і Одеській областях ліквідовано міжрегіональний канал постачання в Україну наркомістких лікарських препаратів, що доставлялися в Одесу контрабандою і потім розповсюджувалися в Одеській, Миколаївській та Дніпропетровській областях. Затримано п’ятьох осіб, порушено п’ять кримінальних справ, вилучено понад 111 тис. пігулок, загальна вартість яких перевищувала 100 тис. гривень.
У 2004 році виявлено чотири факти замаху на контрабанду валютних цінностей (на загальну суму 319,7 тис. доларів США) військовиків Міністерства оборони України з миротворчого контингенту ООН в Іраку. Порушено три кримінальні справи за ст. 201 КК України.
Того ж року спецпідрозділ задокументував протиправну діяльність мешканця Миколаєва, який намагався реалізувати великі партії ртуті, ввезеної контрабандою з Росії. З незаконного обігу вилучено 32 кг небезпечної отруйної речовини. Порушено дві кримінальні справи. Присуд злочинцю — три роки позбавлення волі з конфіскацією майна.
Проведено також низку успішних операцій з припинення контрабанди наркотичних речовин і прекурсорів.
Спецпідрозділом викрито правопорушення, вчинені співробітниками правоохоронних органів, представниками суддівського корпусу. У березні 2006-го при одержанні хабара (6 тис. доларів США) затримано голову Арбузинського районного суду, стосовно якого Генеральна прокуратура України порушила кримінальну справу за ознаками ч. 2 ст. 368 КК України. Згодом було викрито ще вісім фактів хабарництва цієї службової особи, за якими додатково порушено кримінальні справи.
При спробі реалізації більш як тисячі набоїв затримано заступника командира батальйону по роботі з персоналом Миколаївського міжрайонного відділу державної служби охорони. За місцем його роботи і проживання, додатково вилучено понад 1,8 тис. набоїв різного калібру. Прокуратурою Миколаївської області порушено кримінальну справу.
У 2006-му викрито спробу контрабандного переміщення брухту посадовими особами одного з київських комерційних підприємств і не допущено недоотримання держбюджетом понад 2 млн. гривень від сплати експортного мита. Загалом протягом останнього року у сфері боротьби з корупцією і організованою злочинністю за матеріалами Управління порушено 60 кримінальних справ. До кримінальної відповідальності притягнуто 10 злочинців.
